クロマグロの養殖には、大きく分けて二つの方法がある。一つは、海で捕獲した幼魚をいけすで育てる方法、もう一つは、いけすで育てた親魚から卵をとり、ふ化させた稚魚から育てる完全養殖である。完全養殖は、長年の研究の末に実現した技術であり、実用化までには多くの失敗が重ねられてきた。前者は天然の幼魚を捕獲するため、天然資源の減少につながるおそれが指摘されている。これに対し完全養殖は、天然資源に頼らずに生産を続けられる点で注目されている。ただし、ふ化した稚魚が出荷できる大きさまで育つ割合はまだ低く、ある養殖場の報告では一パーセントに満たなかった。稚魚は光や音に驚いていけすの網に衝突しやすく、その際の傷が死亡の大きな原因になっているという。特に夜間に周囲が暗い状態で、突然の光を受けたときに衝突が起こりやすい。この養殖場では、いけすの照明を工夫して衝突を減らす試みを始めている。

完全養殖では、海で捕獲した幼魚をいけすで育てる。